A dispensação de medicamentos para pacientes internados é feita por meio do sistema de distribuição por dose unitária. O medicamento é fornecido pronto para a administração ao paciente, de acordo com a dose, horário e via de administração prescritos. A prescrição médica é elaborada de modo eletrônico e a Seção de Farmacotécnica realiza o preparo dos medicamentos, adequando formas e dosagens, por meio da reconstituição, manipulação, unitarização e fracionamento de medicamentos estéreis e não estéreis. A Seção de Dispensação realiza a avaliação técnica da prescrição, fornece medicamentos e orienta sobre seu uso adequado, condições de conservação e possíveis reações adversas.

Nas unidades de internação a Seção de Farmácia Clínica atua com o objetivo de promover o uso racional de medicamentos e otimizar a farmacoterapia do paciente. Para garantir uma terapia medicamentosa segura e efetiva; prevenindo, detectando e resolvendo problemas relacionados a medicamentos (PRM), o farmacêutico clínico executa atividades como o Seguimento Farmacoterapêutico e a Intervenção Farmacêutica.

Os pacientes ambulatoriais são atendidos pela Seção de Farmácia Ambulatorial, uma farmácia privativa dos pacientes do Instituto da Criança onde são fornecidos medicamentos para tratamento domiciliar, provenientes do próprio Hospital das Clínicas FMUSP ou de programas governamentais de assistência farmacêutica.